F0 세대 형질전환 마우스에서 유전형 분석이 불확실하거나 자손에게 형질이 유전되지 않는 주요 원인으로는 모자이크 현상 및 germline transmission 실패, 무작위적 transgene 삽입, Transgene silencing, Genotyping 오류 및 F0 위양성 등이 있습니다. 이러한 문제를 방지하기 위해서는 체계적인 founder 마우스 라인 확립 전략을 수립해야 합니다.
1) 모자이크 현상 및 germline transmission(생식세포 전달) 실패
F0 마우스에서 transgene이 하나의 염색체에 안정적으로 삽입되었다면, 멘델의 법칙에 따라 F1 자손의 약 50%가 해당 유전자를 유전 받아야 합니다. 만약 F1 세대에서 유전 비율이 50%보다 현저히 낮다면, 해당 F0 개체가 모자이크 개체일 가능성이 높습니다. 이는 배아 발생 중 유전자 통합 시점이 늦어 모든 세포에 transgene이 삽입되지 않았기 때문입니다. 모자이크 개체는 생식세포 중 transgene을 포함한 세포의 수에 따라 유전자를 자손에게 아예 전달하지 않거나 매우 낮은 효율로만 전달할 수 있습니다.
2) 무작위적 transgene 삽입
Transgene은 무작위로 마우스 유전체에 삽입되므로, 기존의 정상 유전자를 방해할 수 있습니다. 이러한 삽입은 haploinsufficiency(반수체 불충분성)로 인해 heterozygous 개체에서도 예상치 못한 표현형을 유발할 수 있습니다. 대부분의 돌연변이에 의한 표현형은 열성이므로, heterozygote를 교배하여 homozygote를 만들어야만 표현형이 확인됩니다. 또한 homozygote는 hemizygote보다 transgene 발현 수준이 더 높을 수 있습니다. 밝혀지지 않은 유전자로 인한 불확실성을 배제하려면, 삽입 위치가 서로 다른 독립적인 마우스 라인 2개 이상을 분석하는 것이 바람직합니다.
3) Transgene silencing(유전자 침묵)
Transgene silencing은 transgene이 전사 비활성 영역에 삽입될 때 발생합니다. 이 경우 유전자가 유전체 내에 존재하지 않더라도 mRNA 전사가 일어나지 않아 발현이 되지 않습니다. 이러한 전사 비활성 상태는 repressor(억제 인자)가 promoter 주변에 존재할 경우, 발현이 억제된 유전자 안에 삽입되었을 경우, DNA methylation(DNA 메틸화), X-inactivation(X 염색체 불활성화), genomic imprinting(유전체 각인) 등의 epigenetic regulation(후성유전적 조절)에 의해 나타날 수 있습니다.
이러한 가능성을 줄이기 위해서는 insulator sequence(절연체 서열)를 transgene에 포함시키는 것이 도움이 될 수 있습니다. 반대로, enhancer나 promoter 근처에 유전자가 삽입되면 예상치 못한 조직이나 시점에서 유전자가 비의도적으로 발현되는 leaky expression이 나타나는 경우도 있습니다.
한편, transgene의 발현은 세대를 거치며 점점 감소하거나 완전히 사라지기도 하는데, 이러한 epigenetic silencing(후성유전적 침묵)은 특히 high copy number를 가진 형질전환 마우스가 나이가 들수록 자주 발생할 수 있습니다.
4) Genotyping(유전형 분석) 오류 및 F0 위양성
PCR 분석 시 primer 또는 probe의 특이도가 낮을 경우, 위양성 결과가 나올 수 있습니다. 따라서 F0 개체의 유전형을 판별할 때는 Southern blotting을 통한 분석이 권장됩니다. F0 개체가 전혀 얻어지지 않은 경우, 가장 먼저 고려해야 할 것은 microinjection(미세주입) 과정의 기술적 문제입니다. 삽입된 transgene 자체가 마우스 배아 발달이나 이유기 전 생존에 필수적인 기능을 방해했을 가능성도 있습니다. 이러한 경우에는 실험을 반복하기 전에 해당 transgene의 생물학적 기능 및 구성 요소를 재평가할 필요가 있습니다.
5) 형질전환 founder 마우스 라인 확립 전략
PCR과 Southern blotting은 transgene 존재 여부를 확인하는 가장 보편적인 분석법입니다. Southern blotting은 위양성 비율이 낮고, copy number 및 flanking fragment(인접 절편) 등 더 많은 정보를 제공하므로 founder 선별 시 권장됩니다. 분석해야 할 F0 개체 수가 많은 경우, 먼저 PCR로 양성 개체를 선별한 후, 소수 샘플에 대해 Southern blotting을 진행해 정확성을 확보할 수 있습니다.
같은 construct를 사용하더라도 삽입 위치나 copy number에 따라 서로 다른 표현형이 발생할 수 있으므로, 독립된 founder 라인은 혼합되지 않도록 별도 관리해야 합니다. PCR 결과는 동일 transgene에 대해 동일 amplicon(증폭산물)을 생성하기 때문에, 서로 다른 라인이 섞이면 일반적인 PCR로는 구분이 불가능합니다.
Zygote 주입 후 약 3주 뒤, 잠재적 founder 마우스가 태어나며, 이유 전 genotyping을 통해 유전형을 확인합니다. Founder가 식별되면 생식 능력이 생기는 9주령 이후에 교배가 가능하며, 이로부터 얻어진 F1 자손은 실험에 사용할 수 있는 최초 세대가 됩니다. F1 세대에서는 germline transmission과 transgene copy number를 반드시 검증해야 하며, 같은 founder로부터 나온 F1 개체들이 동일한 copy number와 flanking sequence(인접 서열)를 가졌다면, 해당 개체들 중 어느 한 마우스를 선택해 확립된 단일 라인으로 사용할 수 있습니다.