제노프스에서 유전자의 발현을 확인하는 방법은 여러가지가 있지만 대표적으로 다음 두 가지 방법이 많이 사용됩니다. 유전자가 어떤 조직에서 발현하는지 확인하는 방법인 in-situ hybridization assay1, 2와 발생학적 stage에서 확인하는 방법인 RT-PCR입니다.
[In-Situ Hybridization]
- 확인하고자 하는 유전자의 RNA 염기서열에 binding 하는 RNA probe를 사용하여 유전자의 발현을 확인하는 방법
- 주로 조직 발현을 확인하기 위해 사용하나, 시그널의 세기를 통해 정량적 분석도 가능함
*그림출처: Whole-Mount and Section In Situ Hybridization in Mouse Embryos for Detecting mRNA Expression and Localization. Methods Mol Biol. 2018;1752:123-131.
[RT(Reverse Transcriptase)-PCR]
- 발생 stage별로 추출한 RNA를 사용하여 어떤 stage에서 확인하고자 하는 유전자가 발현하는지 확인하는 방법
*그림출처: https://www.facebook.com/everythingaboutBiotech/photos/a.2035926766637950/2825927254304560/?type=3
In situ hybridization 의 경우 실험 단계가 복잡하지만 유전자 발현 정도와 함께 발생 단계의 조직/세포 특이적 발현을 확인할 수 있는 장점이 있고, RT-PCR 의 경우 실험 방법이 간단하지만 전체 배아에서 유전자의 발현 정도만 확인할 수 있는 단점이 있습니다. 단백질 수준에서 유전자 발현을 확인하고자 할 때에는 다른 모델 동물과 유사하게 western blot 또는 immunostaining 방법을 사용할 수 있습니다.
XenBase 데이터베이스에서는 다양한 in situ hybridization 방법과 genome-wide transcriptome 정보를 통합하여 발생 단계 및 성체 장기에서 각 유전자의 발현 정도를 확인할 수 있는 정보를 제공하고 있습니다3.